1、确定的标志不同

确定劳动关系的标志为实际用工，企业与劳动者签署劳动合同；而确定人事关系的现行标志是签订聘用合同。

2、规范劳动关系与人事关系的法律、法规依据不同

事业单位的人员构成相对复杂，一般事业单位（如医院、学校、科研机构等）的人员构成可分为三类：第一类是编制内聘用人员，包括签订聘用合同的编制内聘用人员和无须签订聘用合同的编制内聘用人员；第二类是编制外人员，包括档案内部管理的编外人员和档案外部管理的编外人员；第三类是劳务派遣人员，是通过劳务派遣形式招用的。

按照现有规定，通过劳动合同与事业单位建立劳动关系的劳动者，适用《劳动法》《劳动合同法》及其相关规定。这类人员主要包括：事业单位中编制外人员、工勤人员等签订劳动合同的员工。

而与事业单位建立人事关系则主要针对于编制内人员以及部分签订聘用合同的编制外人员，主要有《事业单位人事管理条例》《事业单位工作人员考核暂行办法》《事业单位工作人员处分暂行规定》《机关事业单位工作人员带薪年休假实施办法》等规范来调整。

因此，事业单位在处理人事争议过程中，应当以合同性质区分与员工间的关系是劳动关系还是人事关系。

根据《事业单位人事管理条例》等相关规定，聘用合同在合同期限、试用期、加班费、工资、福利、保险、休假等方面都有特殊规定，主要包括以下内容：

1、合同期限

合同分为固定期限合同、无固定期限合同以及以完成一定工作任务为期限的劳动合同。劳动合同法中对于固定期限劳动合同的期限未做强制性规定，用人单位可根据岗位的性质与劳动者自行商定；而事业单位与工作人员订立的聘用合同，期限一般不低于三年。对于无固定期限的合同，《劳动合同法》第14条规定了5种具体的情形；而事业单位工作人员只能在满足“在本单位连续工作满10年且距法定退休年龄不足10年”时，才能提出与事业单位签订至退休的聘用合同。

2、试用期

劳动合同法中规定劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。而事业单位中初次就业的工作人员与事业单位订立的聘用合同期限3年以上的，试用期为12个月。

3、旷工

用人单位可订立具体规章制度，或与劳动者在劳动合同中协商约定旷工情形。而事业单位有明确规定，即工作人员连续旷工15个工作日，或一年内累计旷工超过30个工作日内，事业单位可以解除合同。

4、休假

在休假方面，《机关事业单位工作人员带薪年休假实施办法》对人事关系员工的休假进行了特殊规定，且在因年休假发生争议时，不能进行劳动仲裁，而应当依照国家有关公务员申诉控告和人事争议处理的规定处理。

除上述不同外，在工资、福利、保险等方面，事业单位也有特殊规定，因此各事业单位应当注意不能完全适用《劳动合同法》的规定。

《事业单位人事管理条例》第37条规定，“事业单位工作人员与所在单位发生人事争议的，依照《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》等有关规定处理。”《劳动人事争议仲裁办案规则》第二条亦将人事争议纳入规则之中。据此，事业单位人事争议在程序上的处理与劳动争议相同。

在实体方面，当事业单位与员工签订的是劳动合同，就要按照劳动合同法的相关规定执行。而当事业单位与劳动者签订的是聘用合同，就要按照《劳动合同法》第96条的规定，即“法律、行政法规和国务院另有规定的，依照其规定；未作规定的，依照本法有关规定执行。”也即对事业单位人事争议案件的实体处理应当适用人事方面的法律规定，但涉及事业单位工作人员劳动权利的内容在人事法律中没有规定的，适用《中华人民共和国劳动法》的有关规定。

劳动争议解决的是由劳动法律所调整的社会劳动关系。而人事争议解决的是人事政策文件所调整的社会关系上的部分人事用人及其他关系。在事业单位中存在着内部行政处分争议，如警告、记过、降低岗位等级或撤职等。而企业中一般表现为劳动关系，不表现为企业内部行政关系。